Für Bayern-Trainer Ottmar Hitzfeld gab es nicht viel zu ändern nach dem 2:0-Sieg in Cottbus. Lediglich Hargreaves musste angeschlagen aussetzen, seine Position auf der rechten Seite in der Viererkette besetzte Sagnol. Der Rekordmeister spielte zentral mit Jeremies und Ballack, die beiden Außenbahnen besetzten Zé Roberto (links) und Scholl (rechts). Im Sturm bot Hitzfeld Elber und Pizarro auf. Auch Leverkusen ging nach dem 3:0 gegen Bremen gestärkt in dieses Pokal-Halbfinale. Lediglich Simak musste auf die Bank, Franca bildete die einzige Sturmspitze. Auf Grund der Berücksichtigung des Brasilianers stellte Coach Hörster Neuville auf der rechten Seite auf. Ramelow und Babic sicherten im zentralen Mittelfeld ab mit Schneider davor, während Bierofka die linke Außenbahn besetzte.
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Ohne besondere Vorkommnisse verlief die erste Viertelstunde im Münchner Olympiastadion. Die etwas offensiveren Bayern trafen auf tief stehende Gäste aus Leverkusen, die sich nur selten aus der Umklammerung des Rekordmeisters befreien konnten. Das erste Mal gefährlich wurde es aber erst nach 20 Minuten: Elber spielte mit Scholl an der Strafraumgrenze Doppelpass, doch Butt rettete sein Team mit einer sehenswerten Faustabwehr gegen den Schuss des durchgebrochenen Brasilianers vor dem Rückstand. In der 28. Minute musste der wendige Brasilianer schon wieder mit dem Schicksal hadern. Von Linke per Kopf in Szene gesetzt, traf Elber bei seinem Kopfball lediglich den Pfosten.
Nur zwei Minuten später machte es Mittelfeldspieler Ballack besser. Nach einer Ecke von Scholl waren sich Zivkovic und Keeper Butt uneinig, und so nahm sich schließlich Ballack des Balles an und köpfte zur Führung ein. Auch in der Folgezeit ließ Bayer die Lufthoheit vermissen und hatte Glück, nicht noch einen Kopfballtreffer von Ballack hinnehmen zu müssen. Diesmal strich das Leder aber knapp am langen Pfosten vorbei (35.). Die Hitzfeld-Elf diktierte weiter das Geschehen, vergaß aber das Toreschießen und musste mit einer knappen Führung in die Pause.
Die zweiten 45 Minuten begannen, wie die erste Hälfte endete. Bayern überlegen, aber zu sorglos vor dem Tor. Für Gefahr sorgte lediglich Bayer-Torwart Butt, als er eine Flanke von Zé Roberto auf den vor ihm stehenden Zivkovic faustete, der Kroate den Richtung Tor trudelnden Ball aber gerade noch von der Linie kratzen konnte. Überraschend dann der Ausgleich für Leverkusen in der 52. Minute. Nach einer gelungenen Kombination über Franca stand Ramelow alleine vor Kahn und schaufelte den Ball vom Elfmeterpunkt aus ins rechte Toreck.
Der FC Bayern, aufgeschreckt durch das 1:1, schlug eiskalt zurück. Elber machte innerhalb von zwei Minuten alles klar für sein Team. Erst traf der Brasilianer nach Zuspiel von Ballack mit dem Rücken zum Tor stehend per Seitfallzieher (57.), dann spitzelte er den Ball nach einem Pass von Sagnol aus der eigenen Hälfte am herauseilenden Butt vorbei ins Bayer-Tor (58.). Mit dem 3:1 im Rücken spulte der FC Bayern sein Pensum souverän herunter. Leverkusen ließ das große Aufbäumen vermissen und kämpfte nicht verbissen genug um das Finalticket für Berlin.
Der FC Bayern München steht nach einem insgesamt verdienten 3:1-Erfolg gegen Bayer Leverkusen zum 13. Mal im Finale des DFB-Pokals. Ein Doppelschlag von Elber sicherte dem Team von Ottmar Hitzfeld das Ticket für Berlin. Leverkusen machte insgesamt zu wenig, um den FC Bayern auf seinem Weg zum Pokalerfolg und damit zum möglichen Double zu stoppen.